以分为昼与夜两个世界的不可思议学园为舞台，性格迥异的三人组面对与魔术相关的难题的故事。
主人公作为新生来到了深山中耸立着巨大钟塔的全寄宿制学园。然而，在初次登校的那天突然被卷入麻烦，弄坏了学园入口处看似昂贵的雕像。被校长指示代替赔偿工作一段时间的主人公，与成为麻烦原因的一名男学生一起被分配到了“特殊事案调查分室”。
去到位于巨大地下图书馆深处的分室房间一看，那里有一位神情冷淡的少女在等待着。在不明所以的情况下，两人被少女告知。这所学园里，存在着真正的魔术———。伴随着钟塔的钟声，学园会出现“夜之世界”，并与校舍融为一体。
分室的工作，是解决学园中发生的所有魔术问题。就这样，主人公们虽然被各种“遗品（ミスト）”所捉弄，但为了学园而四处奔走——。
