2012年5月20日，11:05。雅堂炼丸收到一封神秘邮件： “今天中午——一个孤独的女孩将离开这个世界。” “被杀——在Integral的顶层……” “女孩的名字是Myuu……我相信你对那个名字很熟悉。” “记住那天你许下的承诺——誓言……Renmaru。”
公安警察三岛鸣海收到来自朋友兼同事的邮件： “很快，一个女孩的生命将被夺走。” “Narumi前辈，拜托了。保护她。请保护Myuu。” “为了阻止他们的计划——Second Eclipse Project——她的存在是必要的。”
两人赶往废弃的Integral酒店大楼，他们遇到的事情令人难以置信：一群能够使用Ψ，一种奇怪的特殊能力的人。
