以独自旅行为爱好的少年，鍔貴伊織（つばきいおり）。 他是一个放弃了被爱的孤独少年。无论至今还是今后，自己都将不与任何人产生深刻羁绊地活下去，然后死去。 他一直以为会变成那样。他也认同那样就好。 直到与『她』邂逅，那一刻为止―
偶然造访的偏僻离岛，枕島（まくらじま）。 在这个本应毫无渊源的岛上，伊織受到了意想不到的款待。 据说伊織被名为綿津蛟（わたつみずち）的岛神看上了。而且这次来岛本身，就是早已注定的命运。 他并非相信了那荒诞无稽的话。但是伊織听取了岛民们的愿望，决定停留到宝船祭（ほうせんさい）为止。
通过在岛上的生活，伊織将与有『因缘』的3人加深关系。 熟稔又充满谜团的青年― 設楽飛鳥（しだらあすか）。 虽然带着昏暗的阴郁，却只对伊織抱有纯粹好意的少女― 冴白美純（さえしろみすみ）。 以及，活泼的民宿招牌娘兼『蛟之巫女』― 湊志津香（みなとしづか）。 他们皆与伊織一样，身上宿有奇怪的痣。
等待着少年的，是令人费解的既视感以及让人觉得并非偶然的种种『羁绊』。 不久后他将会知晓。 这场相遇，是1000年时光交织而成的诅咒与情念的集大成。
