——在深蓝的海底深处，被深蓝所包围，少女沉睡着。 梦想着有朝一日能再次与“元素驱动者”相遇——
公元2040年的地球，遭受了远超全球变暖现象的“行星高温化现象”的袭击。 北极与南极的冰山、北欧的峡湾、喜马拉雅的冰川、西伯利亚的永久冻土——所有的冰都融化了，地球全土被海水淹没。 幸存下来的仅存的十万人，在人工海上浮扬都市“水之都”中度过了充满绝望的漂泊岁月。
在这样的水之都，如同雪上加霜般，正体不明的机械生命体SPOOK袭来！ 在苍穹与深蓝的大海之间，水之都防空队与SPOOK展开了激烈的空战！ 面对数量压倒性的SPOOK，水之都逐渐被消耗，被逼入绝境。 在濒临灭亡的人类面前，神秘美少女星海凪与人型机动超兵器艾瑞尔现身了。
凪与艾瑞尔向残存的人类所指引的未来究竟是什么——？ 在人口海上都市“水之都”中展开的，恋爱与友情，相遇与离别，生与死——
