Jail事件——曾经，喰种Jail犯下了大量杀害搜查官的罪行。但几乎没有目击者，没有人知道他的真实面貌。喰种青年理央，作为Jail事件的嫌疑人之一，被诬陷犯下此罪并关押在科克利亚。
金木 研(Kaneki)被青桐树绑架。在他们的11区据点遭受严酷拷问的同时，金木 研终于接受了自己是喰种的事实，开始追求力量。
与此同时，安定区、青桐树和CCG正在进行三方混战。金木 研与安定区的同伴们一起逃离了青桐树，最终CCG摧毁了青桐树的11区据点。
战斗结束后，金木 研离开了安定区，与月山、万丈 数壱(Banjou)等人一起追寻导致他变成喰种的线索。
另一方面，科克利亚在11区战斗的掩护下，遭到了似乎是青桐树精锐部队的喰种袭击。凶恶的喰种囚犯再次被释放到世界上。理央趁着混乱成功逃出了科克利亚。尽管他已经筋疲力尽，但在镇上徘徊时，他在安定区受到了热烈的欢迎。为了证明自己的清白，理央正在寻找导致他被囚禁的Jail的线索。
理央掌握了一些关于Jail的情报，决定前往他认为是Jail地盘的区。在那里，他遇到了正在吞噬强大喰种以寻求变强的金木 研。因为有着追查Jail的共同目标，他们决定一起行动。Jail究竟是谁？
遭遇悲剧的喰种理央和金木 研的命运，交汇向一个新的结局。
