主人公・夏目慎一郎是在真鞍岳遺伝子神経科学研究所工作的新手研究员。
进行超心理学和遗传生物学等研究的和平日常。 这样的某一天，突然发生了爆炸事故。
为了救出被困在封闭的所内的谜之少女・紫音， 慎一郎潜入了广大的最尖端研究设施的地下深处。 这个研究所的最高责任人，二階堂重久博士的女儿二階堂美琴， 以及，这个研究所的被实验者，拥有微弱超能力的七草由梨菜。
慎一郎必须在守护这两位女主角的同时，竭尽智慧去突破各种难关。 逼近的危机，悄然逼近的恐怖，在心理上被逼入绝境的一行人。
不久，也与女主角们有关的这个研究所的秘密逐渐明朗……。
