我们的主人公，是生活在被制造出来的城市・千羽市的学生：和久井 新 千羽市，通稱“箱庭市”、數年前由聚集起來的人們建設而成的小型都市。 雖然只是個小小的都市，市中心卻有著豐富健全的公共設施，人口密度也居高不下。
在10月的某日，主人公接到了来自鹤羽学园的学生会・紅鶴会的请求。 會長綺堂雫對主人公提出了“對本校進行調查”的請求。
從今年4月開始，主角所在的小城裡就接連不斷的發生了不可思議事件。 在此期間，私立鶴羽學園已經有6名學生下落不明。但由於沒有任何目擊證言，事件並沒有引發民眾的關注。
雖然行蹤不明的學生和自己沒有關係，但學院方面卻認為這次事件十分奇怪。 新也就只好隨便做做調查的樣子……
新曾經因為嫌麻煩而想要拒絕請求，然而雫卻不知為何對新在搬來此地之前曾費心費力進行過的創作活動――中二病全開的黑歷史小說——的詳細內容十分瞭解，用半威脅的形式逼他答應自己的委託。
總之開始了敷衍調查的新。 再加上突然乱入的谜之少女――把制服改造成侦探款式的少女・前園霧架告诉新，此案件与这个小城有着极大的关联……
當在她們之中選擇一位成為夥伴時，故事便會通過不同的視角開始講述。 箱庭之街・千羽市和谜之失踪事件……通过玩家操作，与形形色色的角色展开接触，来收集揭开谜底的钥匙吧。
「那麼，新君，和我一起，揭開這個城市的秘密吧」
