这里是东京都内，位于湾岸地带的凑十区（みなとく）———。
今天是年末逼近，第二学期的最后一天。 隶属于成棱学园的万事屋、黄昏部的後代灯（ごだいともり），叹了一口少有的大气。
作为部长存在的‘‘奏’’，花言巧语地翻弄着我。这时原学生会长的‘‘星泉琴奈(コトナ)’’，拿着零食来妨碍作业。至于后辈的‘‘小樱结(結)’’，一有空隙就挽住手臂来捉弄我。在这样的状况下，负责女仆的花之香澄玲(澄玲)笑着为我泡了茶。不对。 在被可爱的女孩子包围的黄昏部里，我虽然忙碌但也愉快地开始了作业。 这就是年末惯例，带着对一年感谢的大扫除。
大家吵吵闹闹地收拾着部室时，在那里发现了一个没有印象的‘‘破旧小箱子’’。 试着打开一看，里面装的是一把小钥匙和一封寄件人不明的信。
『——我是黑之旅人』 『时之天球被破坏，世界的均衡被打破』
信上只是缀写着令人费解的话语。 那正是遗留在黄昏部的最后的谜题（アリスグラム）。
这封信意味着什么？然后与女孩子们加深的关系又将如何？ 究竟，他们选择的未来到底……？
