席卷NEUE（ノイエ）银河的与アームズ・アライアンス之间的战争以UPW和NEUE联合的胜利告终。然而，在战斗中，拥有遥遥领先之强大技术力的未知文明“ウィル”的存在浮出水面，各国的紧张局势随之加剧。
在与アームズ・アライアンス的战争结束3个月后，为了吊唁在与ウィル的战斗中战死的ロゼル，卡兹亚·白波(カズヤ)与最爱的人来到了他的墓前。在那里，卡兹亚·白波收下了他作为遗物的吊坠。就在这时，卡兹亚·白波等人的ルーンエンジェル隊被召集参加EDEN解放5周年纪念典礼，并被传唤至EDEN。
在EDEN解放5周年纪念典礼上，旧エルシオール的成员们穿上曾经的制服出席。在典礼上，英雄タクト・マイヤーズ在瞬息万变的动荡局势中呼吁国际合作，并宣布EDEN与曾经的敌人ヴァル・ファスク建立友好关系。
但是，在典礼的最后一天，收到了来自ノア感知到ウィル出现反应的通知，于是典礼中断，众人奔赴战场，与谜之超文明ウィル展开左右世界命运的最终之战就此打响。
