英雄塔克特·麦雅兹(タクト･マイヤーズ)与月之天使队的活跃表现，使得传斯巴尔皇国在与敌对种族瓦尔·法斯克的战斗中取得胜利，赌上银河未来的与“瓦尔·法斯克”的战斗就此落下帷幕。
由于解放了银河中心的EDEN，找回了失落技术的人们重新掌握了前往平行宇宙的方法，并发现了新世界NEUE。那里凭借独有的“魔法”技术，保持着一定的文明。EDEN发动了NEUE复兴支援计划，开始了与NEUE的交流。
复兴了EDEN的塔克特·麦雅兹为了推进与新发现的NEUE宇宙的交流，成为了最新锐战舰“卢克西奥尔”的舰长，并就任NEUE的失落科技调查队司令官。在NEUE发现了纹章机，为了运用它而成立了“符文天使队”。
曾为新世界NEUE居民的少年卡兹亚·白波(カズヤ・シラナミ)通过抽选被选拔进符文天使队。故事从卡兹亚前往新造战舰“卢克西奥尔”赴任的场景开始。
