主人公三田村皐月(みたむらさつき)， 转入了木造校舍的破旧学校・十色学園3年は组。
担任班长的夜樱 歌留多(夜桜かるた)， 说这个班级有几条规则。
其一，全员必须和睦相处。不许排挤他人。 其二，欺凌是不好的。些许的刁难和坏话也不许。 其三，杀生和暴力是不好的。连一只虫子也不许杀。 其四，应当努力学习。考试不许拿不及格。 其五，无论发生什么都不许请假缺课。就算发烧也要上学。 其六，不许违逆班长・夜樱 歌留多。
“打破这条规则的坏孩子——————可是要被处刑的哦”
夜樱 歌留多浮起妖异的笑容，说出了这样的话。
——就这样，皐月的地狱学园生活开始了。
