23世纪初。人类已经能够自由进行前往过去的时间旅行，但这同时也意味着跨越时空的犯罪出现了。 篡改历史、逃往其他时代、买卖灭绝的动植物……随着这类“时空犯罪”的出现，取缔这些犯罪的“航时法”被制定出来，保护因果律的“航时局”、取缔违规者的“时空警察”也随之诞生。 然而，面对不断增加的时空犯罪，仅靠时空警察已无法应对，航时局允许民间调查机构介入，但仅限于小规模事件。 这便是“时空侦探”的诞生。
公元2232年。身为“航时局准二等巡查官”的鸣神雷藏（なるかみ らいぞう），正在印度班加罗尔高耸的“阿普萨拉尔中心大楼”中，参与拆除“反航时恐怖分子”设置的炸弹的任务。 同时参与任务的，还有隶属于“航时警察机动二课”、属于“多头多臂百臂巨人”属“磁界共振者芯片潜水者”种的“特种基因能力保持者奇美拉人”——香织·拉吉尔（カオリ・ラジル），以及一名程序员。在他们的活跃表现下，任务轻松结束了，但对于那不相称的森严装备，仍留有疑虑。 然后，就在鸣神他们准备撤离的那一刻。本应停止的炸弹突然重启，将赶来的香织·拉吉尔卷入其中并爆炸。消灭了大楼的上半部分。 在呆然伫立的鸣神头顶上，为了销毁证据，又一颗炸弹被投了下来……
时光流逝，公元2236年。开始作为时空侦探活动、过着无聊日子的鸣神，迎来了两位少女的造访。 委托人是向岛美冬（向島 ミフユ），以及陪同的雾姬·艾斯曼。 委托的内容是，寻找小时候遭遇“时空遇难”的双胞胎妹妹美雪。起初鸣神对这个委托面露难色，但在得知委托人是“向岛财阀”的大小姐后，便开始了调查。 根据在公元前中国进行“时空旅行”时发生了事故……这一模糊的记忆，借助情报商的力量，成功发现了前往公元前212年中国的航行记录，鸣神一行人开始了时空移动。
公元前212年，中国。虽然姑且进行了时空移动，但在什么线索都没找到的鸣神面前，出现了“航时警察”的时空载具。没想到他们竟要将鸣神作为“航时绑架”的嫌疑人进行询问。 不顾不知所措呆立在原地的鸣神，美冬和雾姬两人逃跑了。她们启动了时空载具，连同鸣神一起强行进行了时空移动。 ……听上去，两人是离家出走才来参与这次调查的。 但后悔也来不及了，由于没有设定目标的时空移动，时空载具遭遇了事故，勉强迫降的时空是存在于因果律之外的未确认时空，即“时空马尾藻海”……
……以上大概就是序盘的剧情概要。故事将以这个“时空马尾藻海”为中心展开。 到这里出现了大量意义不明的专业术语，但不必担心。本游戏随时都可以从菜单中打开用语解说模式来查询单词的含义，是个让人安心的设计。 ……谁会特意去查啊。
不，虽然也有故意写得难懂的原因，但本作似乎就是这样对“设定”有着强烈的执着。大概是有意图要将前作中未能充分发挥的各种设定进行深入挖掘，并推到台前吧。 因此，与几乎是19世纪德国飞艇的前作相比，可以说本作成功表现了独特的世界观。只不过，这是以难以融入故事这一缺点为代价的。
