被人说是无法理解别人心情的家伙。 但是别人的心情，又有谁能理解呢？ 夏天的开始。 北牧台学园二年级学生。每次考试都稳居首位的爱内周太，第一次让出了这个位置。 夺走第一名的是名为“有村罗米”的神秘少女，她一直在网络上发表尖锐的论文。 然后，周太向罗米提出了一个商量。 “爱内周太”“有村罗米” 以两位天才的相遇为契机，一场遥远的夏日冒险开始了。
从小笠原归来已近一年。 夏天的开始。升入三年级的爱内周太，漫不经心地望着季节的变迁。 悠闲的同班同学们。和平的每一天。没有回来的恋人，“有村罗米”。 他只是茫然地望着这一切，不断等待着。 在这样的他身边，收到了来自彗星机构首领“米可”的信。 他和他的伙伴们，以及世界，再次被卷入与彗星相关的野心之中。 最后的夏天即将开始。
●有村 罗米 突然出现，从周太手中夺走了学园第一的位置。 平时不在学园露面。 谜团重重的少女。 一直在网络上发表尖锐的论文。 指示周太成立科学特搜部。
●坂下 唯唯菜 被周太邀请加入科学特搜部的少女。 用周太的话说，没有特征就是她的特征。 性格朴素且内敛。被不懂得察言观色的周太折腾。 隶属于吹奏乐部。 爱好是到处吃拉面。
●新田 忍 在公寓一楼经营着西餐厅。 同时，住在隔壁的房间。 她很关心独自生活的周太，但周太觉得她很烦人。 学籍在北牧学园隔壁的北牧大学，但目前处于休学状态。 容易让人趁虚而入。
●西野 佳纯 拳击部唯一的部员，和大学的社团混在一起埋头训练。 因为某些原因，她将劝诱人加入科学特搜部。 与周太截然相反，是个开朗且善于交际的少女。 起初对死讲道理的周太没有好感。 不擅长学习。非常喜欢吃。最喜欢的是牛肉饭。
●片桐 猛 因为想变聪明而想加入科学特搜部，是个有些冒失的同班同学。
●星 玛丽丝 细长眼眸令人印象深刻的女学生。 不输给周太的优等生。
●西格玛 出现在周太面前的神秘少女。 自称“彗星的使者”。
●爱内 周太 北牧学园二年级学生 每次考试都拿第一的秀才，但性格别扭，没有朋友。 独居生活。
●爱因斯坦 放在周太房间角落的机器人。 偶尔会被迫陪周太自言自语。 有时为了打发时间，会被毫无意义地拆解。