与一般的萤火虫不同，栖息着从7月中旬开始进入盛期的珍稀萤火虫“夏萤”的狭土岛的乡下小镇。 主人公一弥幼年时因病失去双亲，与成为唯一血亲的妹妹水夏一起，被父亲熟人、经营神社的仓本家收养，过着宛如家人般的寄居生活。 然而出于寂寞，一弥有时会在他最喜欢的地方——森林的池塘边哭泣。 紧紧握着母亲的遗物，据说能实现愿望的“萤之泪”。
某个夜晚，一弥在森林里救下了一只被蜘蛛网缠住的萤火虫。 第二天，他独自在森林里哭泣时，突然出现的少女向他搭话，两人一起眺望萤火虫度过了时光。 约好了下次再一起玩，在一起玩耍的几天里一弥恢复了精神，也逐渐被总是笑着陪他玩的少女·片濑所吸引。 像往常一样，一弥邀请她“明天也一起玩吧”，不知为何女孩却露出阴郁的表情说不能玩了。 尽管如此，一弥单方面定下约定，到了约定的那天，本想将“萤之泪”送给她而在池塘边等了一整天，但她最终也没有出现。
时光流逝，一弥也完全习惯了收养他的神社里的生活。 今年也迎来了对这个岛屿来说很特别，但其实和平时毫无变化的“夏萤”季节。 迎来学园二年级初夏的时期，一弥的班里突然转来了一个女孩。 仅是季节不符的转学生就已经很罕见了，加上她还是个超弩级的美少女，在狂热的部分男生的煽动下，整个学园闹翻了天。 在那片喧闹中，看到女孩的一弥惊讶不已。 她正是，一弥在萤火虫的池塘边相遇，却未能履行约定便分别的片濑观琴……
