舞台设定在七年战争（新纪幻想Spectral Souls II的舞台）结束十几年后的Neverland。故事讲述了在那里，围绕着被称为核心元素的能量结晶体，缔约者·泽罗斯(コントラクター・ゼロス)与希托格诺姆(ヒトゲノム)之间展开的战斗。
