『莱莎的炼金工房２』的故事结束约一年之后。 生活在库肯岛的莱莎等人，突然得知近海出现了不明群岛。 这些被称为“柯克群岛”的岛屿，对莱莎等人居住的库肯岛产生了负面影响。 为了拯救库肯岛，莱莎一行人迅速前往调查——
调查柯克群岛的过程中，他们到达了谜之遗迹。 遗迹深处，莱莎等人见到一扇巨大的谜样门扉。 为了进一步调查而靠近那扇门， 莱莎的脑海中突然听到了引导她接近「万象大典」的谜之声音。
这扇门后究竟有些什么，「万象大典」又是什么意思—— 为了寻找拯救库肯岛的方法，莱莎等人踏上了关于「钥匙」与「炼金术根源」的宏大冒险之旅。