■ 序章
幻想乡，——魔法森林。
在那片森林里建家居住的魔法使，爱丽丝·玛格特罗伊德(アリス・マーガトロイド)正在调查森林。 几个时辰前森林里的妖精开始骚动，同时开始目击到名为“怪物怪物”的、既非幽灵也非亡灵也非怨灵的魑魅魍魉。 森林本身也以通常难以想象的速度成长、变化着。
是某种异变的预兆，还是有什么给森林带来了异变呢。 在找到答案之前，那东西突然袭来。乘着巨大铁块的少女。 那个陌生的妖怪（？）不分青红皂白地攻击了爱丽丝。
虽然感到困惑但还是将其击退后，这次又遇到了熟面孔。 令人惊讶的是，那是映照出过去爱丽丝的『某种东西』。
爱丽丝试图抓住那个自己的冒牌货问话，但冒牌货完全不理会，最终跟丢了。
爱丽丝「在我不知道的地方，确实正在发生着什么…… 没办法，放着那个不管也让人心情不爽，比起单独行动，这里还是交给异变的专家比较好呢。」
异变的专家，以退治妖怪为生的博丽神社的巫女，博丽灵梦(博麗霊夢)。
爱丽丝为了见她，前往了东边的神社。