学生侦探・地仁田遥为了解决在矢倍是学园发生的学生连续失踪事件而四处奔走，但事件的背后隐藏着尖端科学研究会可怕的野心。中了先科研副部长设下的陷阱而被缩小了的地仁田，在下水道被老鼠袭击、被女学生误认为是虫子险些被踩扁、为了消灭证据而被先科研部员艾丽卡（エリカ）吃掉等等，遭遇了无数的苦难。在追查地仁田而来到学园的大纪久成惠的协助下，为了恢复原本的尺寸而踏入了先科研的地下研究所。
本作的特征是有很多《凉宫春日的忧郁》的恶搞，特别是阿虚（キョソ）（名字可更改）和古泉乙树两人中的一人，以及沙米森（シャ三セン）（猫）会加入队伍。