2013年。大企业决定在日本东北部某处自远古留存下来的土地上建造一座新城市。这座城市在最现代化工业的帮助下建造而成，基于一套能够创造最先进城市生活方式的运作系统——即所谓的“智能城市”。但事情出了差错。似乎有一种病毒能在人体内产生火焰物质。这种疾病很快以“人体自燃”之名广为人知。新建的伊邪那美市中，有一个街区显得尤为可疑。高中生兼见习侦探蘭堂 研人(Kento Rando)接到了调查这起神秘案件的任务。星海高中将成为主要调查区域。不必多说，为了侦破案件，研人必须找到最佳策略，与美丽的高中女学生们交谈……
火焔圣母 ～The Virgin on Megiddo～是一款日式冒险游戏，主要依赖于对话以及你在对话中做出的选择。然而，游戏也包含了美式冒险游戏的元素。有些物品必须被找到、拾取并在适当的时机使用。有些区域你可以通过类似3D的环境移动，并以第一人称视角进行观察。在对话期间，你还可以使用通过菜单访问的指令。游戏中还有带有时间限制的环节。
