幼年丧父、去年又失去母亲的水无川慎平(水無川 慎平)，现在是独自生活的高中二年级学生。对于过着孤独生活的他来说，在学校与朋友们共度的时光是唯一能让心灵得到休憩的时刻。
就在某个星期五，学校里流传开了一个传闻。那就是“世界末日”。起初谁都没有当真，但在放学后，社团活动结束，到了该回家的时间时，一切都开始朝着世界末日运转起来。在“末日委员会”的指挥下，全校学生为了明天的世界末日而留在学校，开始了准备工作。
在不明所以的情况下被卷入其中，慎平也留在了学校。那天夜里，难以入眠而在校内漫步的慎平面前，出现了一位少女。
“世界终结是我的错”
她垂下眼帘告白道。据说是因为她祈愿世界终结，所以世界才会走向终结。时间停止，世界被封闭在瞬间的寂静之中。这就是世界末日。即使质问她为何祈愿世界末日，被罪恶感所震颤的她也没有回答。只是，回了一句话。
“你不希望世界终结吗”
天亮后的早晨，慎平采取了行动。即使被罪恶感震颤，他也想拯救那个祈愿世界终结的她的心。而且，世界末日本身也必须被阻止。掌握一切关键的是“末日委员会”、“她的心”，以及“慎平自己的心”。
