“天见修(天見修)”是致力于将现代科学技术与魔术融合的“现代魔术师”之一。虽然置身于日常的世界中，但他自觉自己是一个生活在非日常中的人，因此隐藏着自己是“魔术师”的事实，与周围的人只保持表面的交往，在一定程度上保持着距离度过每一天。
放学后在虹陵馆学园的天台上，修被同班同学“吾妻汐音(吾妻汐音)”告白。然而修拒绝了她的告白。看着汐音为了不让人看到哭泣的脸庞而坚强地跑开，修感到有些抱歉，但他所生活的世界，与普通女孩所了解的世界截然不同。对他而言，作为虹陵馆学园的学生只不过是隐姓埋名于世的虚假身份。
因为这件事，汐音的朋友兼班委“红野澪(紅野澪)”向修发难了。澪是班上首屈一指的才女，她带着强烈的感情质问修的理由。面对她这单方面的说辞，就连修也不禁产生了几分反感。就在这时，玩伴“照屋匡(照屋匡)”向修提起了一件奇怪的事。
“修，你相信‘分身’吗？”
街上流传着看到自己分身的人会下落不明的传闻。匡的青梅竹马“奈月香央里(奈月香央里)”似乎看到了那个分身。匡觉得这不是别人的事而感到担心，于是来找修商量。
修原本只把分身的传闻当作都市传说，但他向被称为“图书馆的魔女”的“黑芝香苗(黒芝かなえ)”提起了这件事。香苗虽然是个美女，但总有一种让人难以接近的氛围，不过她还是很耐心地作了解释。香苗的说明打消了香央里的不安，但修凭着作为现代魔术师的直觉察觉到了不稳的气息，于是秘密地独自展开了调查。
某一天。修遇到了澪正在与一个像人偶般美丽的蓝发少女战斗的场面。澪在那里所运用的，明显是修所掌握的“现代魔术”。虽然感到惊愕，但修看到被压倒性的力量击飞而陷入危机的澪，便释放了自己的魔术——但是，少女以力量将其击破，一言不发地消失了……
此外，没过几天又发生了惊人的事件。那个蓝发少女作为转校生，自称百野栞，出现在了教室里——
在绫女丘暗中进行的连续失踪事件。在利害关系错综复杂之中，修他们与未知之物的战斗即将开始——
