某个夏夜，风暴直击了海边的极限村落“心珠町”。 灾害给土地与居民的心中留下了巨大的创伤， 不久后镇上便失去了人影。 留下了许多未能如愿的思念与秘密……。
7年后的夏天，大学生川仓黎一 独自踏入了沦为废村的心珠町。
契机是已故祖父的遗言。 为了决定曾与祖父一同生活过的房子的处理方式， 他进行了一次短暂的回乡。
而后——在保留着令人怀念的景色与气味， 却又宛如异世界般的废墟之镇中， 黎一遇到了自称“真珠(シンジュ)”的少女。
“黎一……你要成为填补巫女与匣子的， 祭品哦”
黎一与4名少女被困在与外界隔绝的心珠町中。
与真珠长得一模一样的青梅竹马“御汐阳渚(御汐陽渚)”。 与阳渚同为心珠町时代的青梅竹马兼义妹“新沼铃(新沼鈴)”。 寻找镇上流传的宝物的少女“龙灯八千代(龍ヶ燈やちよ)”。 追着黎一而被卷入其中的大学同学“都筑七七濑(都築七々瀬)”。 黎一等人虽然合作寻找逃脱的方法， 宛如镜中倒影般的两名少女。 残缺的记忆，与曾经许下的约定。 镇上供奉的神明的真面目。 沉睡在被遗弃的废村中的，愿望与罪孽。
与被隐藏的真相对峙， 黎一等人还能回到原来的世界吗？
沉睡在秘密的匣子中的， 是约定的希望，
