在地球上，普通人不知道的地方，地球人和外星人共存着。 来自各种星球的各种外星人来到地球，享受观光，或者直接移居地球。 话虽如此，并非一切都能顺利进行。 从小麻烦，到有时会引发事件。 存在着一个解决这类由外星人引发的问题的组织。 暗中活动的组织，“黑衣人”。通称“MIB”。
某天放学回家的路上。 主人公·音无昴正在走着，突然差点被UFO绑架。 他被同班同学黑河有佳乃救出困境，之后协助击退了UFO。 昴因为目击了UFO而差点被消除记忆，但经过一番波折，第二天被带到了她所属的“MIB”的总部。 在那里，昴亲眼见到了各种形状奇特的外星人。 在听完设施的说明后，昴成为了“MIB”的一员。 昴的生活一下子远离了至今为止的日常。 卷入各种“人”的波澜人生就此开始。
