与“她”交织，真实的Material Brave 拼死与仓木绘奈(倉木 絵奈)战斗的末了，镝木遥步(鏑木 遙歩)失去了作为释放者的能力，绘奈化作了茧状的谜物质块陷入了沉睡。 为了夺回自己的能力，让绘奈恢复原状，遥步与“她”踏上了旅途。 然而在旅途中，收到了来自神尾城岛研究所的通知，说茧中的绘奈出现了异常，遥步等人于是再次回到了神尾城岛。
回到神尾城岛的遥步等人眼中所见的，是正遭到新种新原生体袭击的研究所。 没有能力的遥步陷入了苦战，但借由“她”等人的帮助，总算到达了绘奈的身边。 比起出发时，变小且生命反应减弱的绘奈的茧。靠近后能听到绘奈的声音。 但与此同时，新种新原生体袭击了遥步和绘奈。 身负重伤却击退了新原生体的遥步。在朦胧中触碰到绘奈的茧时，在溢出的光芒中听到了绘奈痛苦的声音。 “终末之兽……新的敌人……” 还没来得及理解其中的含义，遥步便恢复了意识。 然而与绘奈的重逢，让遥步作为释放者的能力复活了。 绘奈给予的力量。将其铭记在心，遥步击退了新原生体。 遥步与“她”一同回到学园，决定调查这次的事件。 对于归来的遥步，队友们再次以队长的身份迎接了他。 “欢迎回来，镝木遥步！” 但是，无数的谜团阻挡在遥步等队伍Unison的面前。 新种新原生体、复活的进化体、终末的使徒，以及终末之兽……。 与强大敌人战斗的序幕拉开。被问及的力量所在之处究竟在何方—— ——向进化的前方迈进。
