某年11月17日，东京都练马区上空发生国籍不明的航空运输机被战斗机击坠的事件。航空机严重损毁，乘客与乘务员均未被发现。
3天后，星云学园的学生武藤优介在学校附近的森林里发现了昏迷的全裸少女，并将其带回家中照料。恢复意识的少女，除了“布朗温(ブロン・ウィン)”这句话以外，失去了一切记忆。由于发现少女的森林里掉落着航空机的残骸，少女开始怀疑其与航空机事故的关联性，于是她见到了追踪此事件的关东时报的山田记者并开始调查，但就在此时，神秘的军队之间的市街战开始了。
不久，死亡商人“WWWF”、WWWF的对抗组织“统合军”、WWWF开发的生体兵器“BS（仿生士兵）”的存在被查明。以及，少女是第4个被开发出来的BS“第四单位(第4のユニット)”的事实也被查明。
