有一天，主人公不小心从学校校舍坠落了。出院后回到学园宿舍，发现一个自称是青梅竹马的少年成了室友。然而，主人公对他完全没有记忆。
为了揭开坠落事件的谜团，主人公开始追寻自己过去的记忆。在此过程中，主人公碰到了一个神秘组织的存在。为了揭露该组织的真相，他开始当起了见习侦探，但在还是半吊子的他身边，却出现了奇怪的少年、变态教师，甚至还有古怪的怪盗。
从与潜藏在主人公内心的另一个自己的接触中，真相接连浮出水面。通过过去的回忆复苏的与伙伴们的关系和友情。还有恋爱……。追寻谜团的主人公身边，充满了有点色色又坏心眼的障碍。
