为了魔法修行而降临地面的主人公，回到了师父和妹妹米尔菲居住的宅邸。脑海中浮现出妹妹的面容，怀着对往昔回忆的激动心情打开门的主人公，在门的另一边等待着他的是……一副了不起的样子坐着的爆炸头男人。以及似乎是那只宠物的奇怪动物。从里面出来的妹妹说师父不在。自称卡莱尔(カーライル)的男人是师父的代理，似乎有重要的事情要找主人公。
主人公被卡莱尔指示培养魔女。因为姑且算是师父的传话，主人公勉为其难地接受了。主人公在与个性丰富的魔女们苦战的同时继续培养她们，但有一天，正体不明的魔物突然出现在空中庭院。一边打倒袭来的魔物，一边成长的魔女们。不久，在探寻魔物真身的过程中，其真相以及培养魔女们的真正意义逐渐明朗……
