故事设定在《Zone of the Enders》宇宙中。时间是2173年，人类为了寻找一种名为Metatron的珍贵资源，将势力范围扩张到了火星和木星的卫星，并建立了完整的殖民地。然而，地球对殖民者保持着严密的控制，这些殖民者被带有贬义地称为“Enders”，歧视现象随处可见。食物供应短缺，市民的行动受到控制，许多火星居民曾试图起义反抗地球，但收效甚微。
游戏讲述了一个名叫Cage Midwell的17岁少年的故事，他是星际特快飞船“Bonaparte III”上的一名工人，与他同行的还有他的挚友（也是他崇拜的偶像）Ares Enduwa。然而，在一次例行航行中，Cage发现一个女人潜入货舱，便跟了上去。就在此时，飞船遭到了一台强大的黑色Orbital Frame的袭击。Cage和这个自称Myona Alderan的女孩爬进飞船内搭载的一台神秘的LEV中逃离，最终坠毁在火星上。他们很快被抓获，并被指控为坠机事件的肇事者。更糟的是，Myona完全失去了记忆。然而，在他们被关押后不久，一位名叫Deckson Geyse的“反地球联盟”领袖将他们解救出来。他的派系BIS（Born In Space）迅速赶来营救他们，而Cage发现自己卷入了地球与火星之间不断升级的冲突之中。