“青”的创始者之一、可憎的叛徒琼戴克(ゾーンダイク)发动的“琼戴克动乱”，导致许多大陆与城市沉入海中。
此后，在曾经新加坡所在的海域，作为海上都市诞生的“新世界”，可以说是最接近动乱前人类生存状态的地方。
曾经身在“青”、参与开发小型战斗潜水艇格兰帕斯(グランパス)而享有精英之名的速水，也以打捞为生，环游世界后抵达了新世界。
然而，命运再次将他引入时代的漩涡。神秘的核潜艇X号，以及围绕它发生的种种事件。
“青之6号”突然靠港，追踪而来的琼戴克阵营也逼近新世界——
聚焦于OVA主人公速水铁(速水鉄)此前从未被提及的失落时间，游戏原创故事。
以“新世界”为舞台收集情报的“冒险模式”，在海中操作潜航艇塞雷(セーレ)的“打捞模式”。通过这两种模式，可以更加深入地享受“青之6号”的世界。
