西洋的街景与现代日本的街景交织而成的城市“涩谷”。 在那建筑之间的后巷里，倒在垃圾堆旁的少年——纯奈(ジュンナ)——醒了过来。
纯奈心想，自己究竟是谁？为什么会在这里？这里又是哪里？ ……关于自己的事情，他完全想不起来了。 在惊慌失措的他面前，一位自称雏(ヒナ)的少女静静地浮现在他眼前。 面对她那句“去寻找……”，他刚问出“找什么？”，随着突然逼近的奔跑脚步声，她的身影便消失在了墙壁之中。
纯奈循着脚步声回头，与一个擦肩而过的男人交错而过，那人有着如流水般的银发，披着在风中飞舞的黑色斗篷。与他目光交汇的瞬间。 他心中浮现出的，是宛如乡愁般的情感。
在月光下消失的斗篷男阿尔施塔特(アルスタット)。 追踪阿尔施塔特的刑警田神(タガミ)。 少年遇见的人偶师达斯克(タスク)。 失去记忆的纯奈，因为雏的话语，漫无目的地开始寻找起“某样东西”。
据说阿尔施塔特是从杀人现场逃走的。 相识的朋友春日(ハルヒ)的前辈希纱罗(キサラ)倒在血泊之中，追寻真相的纯奈面临着逼近的危险。不久后，那只魔手便确确实实地将目标锁定在了纯奈身上。
发生在这座城市的杀人事件的真相是什么？ 纯奈失去的记忆是……？ 雏所寻找的“某样东西”又是什么？
