194X年，日本终于向同盟国无条件投降。随后，除部分地区外，日本被同盟军分割占领。在同盟军占领的地区，FEHQ（Far East Head Quarters）对抵抗分子进行肃清，强迫他们进行思想○的○○劳动等血腥镇压。
此外，FEHQ还秘密推进着名为AMP（Advanced Machinery Project）的军事项目。AMP进行了多次性实验，在此过程中，被试体“瑠璃子”展现出了极高的超能力。
在这样的情况下，在煤矿被强迫进行○○劳动的主人公被抵抗组织救出，投身于抵抗运动之中。随后，与FEHQ战斗的主人公，与被试体“瑠璃子”产生了深深的交集……
